Bücher, Aufsätze

• Faszination Orgelimprovisation - Ein Studien- und Übungsbuch/Fascination Organ Improvisation - A study and Practice Book, Bärenreiter 2018 (BA 11241)
• SCHÖNE ORGELN - Baugeschichte - Klang - Prospektgestaltung (hg. von Franz Josef Stoiber), Figaro-Verlag 2019
• Gehörbildung, Tonsatz, Improvisation – Ein Übungsbuch Con Brio Verlag, Regensburg 1995
• Überlegungen zur Satztechnik Paul Hindemiths in: Zeitschrift Musica Sacra 1996
• Harmonische Idiomatik, in: Dux et Comes – Franz Lehrndorfer zum 70. Geburtstag Universitätsverlag Regensburg 1998
• Joseph Ratzinger – Benedikt XVI., Im Angesicht der Engel – Von der Musik im Gottesdienst Herausgegeben von Franz Josef Stoiber, Herder 2008
• Basiswissen Kirchenmusik, Bd. 3 Musiktheorie – Liturgisches Orgelspiel
  Herausgegeben von Thomas Albus und Franz Josef Stoiber, Carus 2009
• Tonsatz, in: Basiswissen Kirchenmusik, Bd. 3 Musiktheorie – Liturgisches Orgelspiel
  Herausgegeben von Thomas Albus und Franz Josef Stoiber, Carus 2009
• Erfahrungen mit der neuen Domorgel – Überlegungen zum Instrument und zur Kirchenmusik in: Regensburger Domorganisten, Verlag Schnell & Steiner 2011
• Spuren des Zweiten Modus von Olivier Messiaen in Orgelwerken Wiener Organisten, in: Theorien des Planyversums - Peter Planyavsky zum 65. Geburtstag. Manfred Novak (Hg.), LIT Verlag Wien 2012

Tonträger

• Masterworks of East Bavaria - CD 1: Werke von Reger und Renner - CD 2: Improvisationen - Franz Josef Stoiber spielt an der Rieger-Orgel des Regensburger Doms (2017) - PRIORY PRCD 1188
  
  
• Orgelmusik aus dem Regensburger Dom – Franz Josef Stoiber spielt Werke von Reger, Renner und Improvisationen (1999), IFO-records, Mainz
• Bach aus dem Regensburger Dom – Franz Josef Stoiber spielt BWV 552, BWV 596, BWV 538 und aus der Kirnberger-Sammlung; Bachchoräle mit den Regensburger Domspatzen (Ltg. Roland Büchner), Ann Fahrni, Violone (2000). Motette CD 50721
• Olivier Messiaen – Berühmte Meditationen für Orgel – Franz Josef Stoiber an der Chororgel des Regensburger Domes (2002). Motette CD 12991
• Glocken und Orgelimprovisationen im Hohen Dom zu Regensburg – Franz Josef Stoiber, Orgel – Eine Choralschola der Regensburger Domspatzen (2002). Motette CD 12561
• Orgelimprovisationen – Weihnachten. Franz Josef Stoiber an der Göckel-Orgel in St. Peter zu Düsseldorf (2005). ORGANpromotion, Sulz am Neckar
• Die Regensburger Domorgel – Franz Josef Stoiber spielt an der neuen Rieger-Orgel Werke von Bach, Renner, Dupré und Improvisationen (2010). Motette 13791
• Die Orgeln der Hochschule für katholische Kirchenmusik und Musikpädagogik Regensburg – Franz Josef Stoiber improvisiert über „Lobe den Herren“ und die gregorianische Antiphon „Cantantibus organis Caecilia Domino decantabat“ (2010).  HfKM, Regensburg
• Orgelmusik von Liszt und Renner – Franz Josef Stoiber spielt an der Rieger-Orgel des Domes zu Regensburg (2011). Motette 13851
• „Alles meinem Gott zu Ehren“ – Franz Josef Stoiber spielt an der Kögler-Orgel der Stadtpfarrkirche St. Laurentius in Neustadt a.d. Donau Werke von Bach, Mozart, Mendelssohn und Improvisationen (2013). Ambiente Audio
• Glocken- und Orgelklänge aus dem Regensburger Dom – Franz Josef Stoiber improvisiert an der Rieger-Orgel (2013). Motette 50931
• „Schwebende Klänge“ – Eine Domorgel für Regensburg (DVD). Ein Film von Kerem und Stephan Unterberger. Unterberger KG, Medien + Pädagogik (Auch in Englisch erhältlich: „Soaring Sounds“)
• "Toccatissimo!" Berühmte Toccaten für Orgel von Bach, Widor, Vierne u.a.
  Franz Josef Stoiber an der Regensburger Domorgel (2015). Ambiente-Audio
• LAUDATO SI' - Musik aus Regensburg (Enjott Schneider - Sacred Music Vol. 13). Orgelsinfonie Nr. 12 "Veni Creator Spiritus", Toccata "Jubilissimo" ua.
  Franz Josef Stoiber an der Regensburger Domorgel

Kompositionen

Chor: Messen

• Missa i.h. Sancti Petri für Chor (SATB), Streicher (ad. Lib.) und Orgel, Jubilate-Verlag
• Missa i.h. Sancti Josephi für Chor (SATB) und Orgel, Verlag Feuchtinger & Gleichauf, Regensburg
• Missa i.h. Sancti Sebastiani für Männerchor (TTBB), Verlag Feuchtinger & Gleichauf, Regensburg
• Missa Alme Pater für Chor (SATB) und Orgel (2008/2010), Jubilate-Verlag Eichstätt
• Missa i.h. Sancti Erhardi für Chor (SATB, Tenor ad lib. und Orgel (ad lib.), Verlag Feuchtinger & Gleichauf Regensburg
• Missa in G ("serena") für Chor (SATB) und Orgel, Musikverlag Dr. J. Butz, Bonn
• Missa inglese für Chor (SATB) und Orgel (2015), Edition Walhall Magdeburg
  
• Missa i.h. Sanctae Annae Schäffer für Chor (SATB) und Orgel, Jubilate-Verlag Eichstätt

• Motette "Christus in vobis spes gloriae" für Chor (SSATTBB) und Orgel (komponiert für die Bischofsweihe von Prof. Dr. Rudolf Voderholzer am 26. 01. 2013 im Hohen Dom zu Regensburg)
• Da Pacem Domine – 3 Lateinische Motetten für 4 – 6 stimmigen Chor a capella, Edition Walhall Magdeburg
• „Jauchzet Gott, alle Lande“ für Chor (SSATB) (1982), in: Würzburger Chorbuch 2001
• „Du bist erhoben“ für Chor (SABar) (1997), in: Würzburger Chorbuch 2001
• Vorspiel, Begleitsatz und Chor-Coda zu „Ehre sei Gott“ (GL 456) für Chor (SATB), Bläser (2 Tr, 2 Pos) und Orgel (2001). Manuskript.
• „Christi Mutter stand mit Schmerzen“ für Chor (SATBB), (2001), Manuskript.
• „Maria durch ein Dornwald ging“ für Chor (SSATTBB), Harfe und Orgel, (2001). Manuskript.
• Halleluja (GL 531, 2) für 4 – 7 stimmigen Chor, Bläser, Pauken und Orgel (komponiert für die Papstmesse am 12. September 2006 in Regensburg. Manuskript.
• Motette "Ave verum corpus" für Chor a capella, Musikverlag Dr. J. Butz, Bonn
• Motette "Tantum ergo" für Chor (SATB) und Orgel, Verlag N.N.
• Motette "Ave Maria" für Chor (SATB) und Orgel ad. lib., Musikverlag Dr. J. Butz, Bonn

Orgel:

• Choralbearbeitung „Macht weit die Pforten in der Welt“ (1984, in: Vor- und Nachspiele zu Liedern aus dem Gottes Lob, Diözese Passau)
• 3 Ostinati für Orgel (Präludium – Litanei – Finale) (1997, Manuskript)
• Präludium zum Halleluja GL 530/8, in: Paeludia aenigmatica (Bd. 17 des ACV), Dr. J. Butz Musikverlag, Bonn 2009.
• Prière und Toccata – Hommage à Messiaen (2012). Manuskript.
• Orgelvorspiele und Begleitsätze, in: Orgelbuch zum Gotteslob - Eigenteil der Diözese Regensburg (2014)
• Orgelvorspiele und Begleitsätze, in: „Das Orgelbuch der Domorganisten“, Bärenreiter Verlag (2014)

Verschiedenes:

• Suite "Nun lobet Gott im hohen Thron" für Trompete/Flügelhorn und Orgel - Edition Walhall Magdeburg