Musik - Reflexion - Musik. Aspekte des musiktheoretischen Ansatzes von Zsolt Gárdonyi. In: Zeitschrift Musik und Kirche 2021/2
HARMONIA MUNDI - Betrachtungen zur Partialtonreihe mit einem Impuls für die Improvisation. Zsolt Gárdonyi zum 75. Geburtstag. In: Zeitschrift Musica Sacra 2021/2
Faszination Orgelimprovisation - Ein Studien- und Übungsbuch/Fascination Organ Improvisation - A study and Practice Book, Bärenreiter 2018 (BA 11241)
SCHÖNE ORGELN - Baugeschichte - Klang - Prospektgestaltung (hg. von Franz Josef Stoiber), Figaro-Verlag 2019
Tonsatz, in: Basiswissen Kirchenmusik, Bd. 3 Musiktheorie – Liturgisches Orgelspiel Herausgegeben von Thomas Albus und Franz Josef Stoiber, Carus 2009
Erfahrungen mit der neuen Domorgel – Überlegungen zum Instrument und zur Kirchenmusik in: Regensburger Domorganisten, Verlag Schnell & Steiner 2011
Spuren des Zweiten Modus von Olivier Messiaen in Orgelwerken Wiener Organisten, in: Theorien des Planyversums - Peter Planyavsky zum 65. Geburtstag. Manfred Novak (Hg.), LIT Verlag Wien 2012
Tonträger
Masterworks of East Bavaria - CD 1: Werke von Reger und Renner - CD 2: Improvisationen - Franz Josef Stoiber spielt an der Rieger-Orgel des Regensburger Doms (2017) - PRIORY PRCD 1188
Orgelmusik aus dem Regensburger Dom – Franz Josef Stoiber spielt Werke von Reger, Renner und Improvisationen (1999), IFO-records, Mainz
Bach aus dem Regensburger Dom – Franz Josef Stoiber spielt BWV 552, BWV 596, BWV 538 und aus der Kirnberger-Sammlung; Bachchoräle mit den Regensburger Domspatzen (Ltg. Roland Büchner), Ann Fahrni, Violone (2000). Motette CD 50721
Olivier Messiaen – Berühmte Meditationen für Orgel – Franz Josef Stoiber an der Chororgel des Regensburger Domes (2002). Motette CD 12991
Glocken und Orgelimprovisationen im Hohen Dom zu Regensburg – Franz Josef Stoiber, Orgel – Eine Choralschola der Regensburger Domspatzen (2002). Motette CD 12561
Orgelimprovisationen – Weihnachten. Franz Josef Stoiber an der Göckel-Orgel in St. Peter zu Düsseldorf (2005). ORGANpromotion, Sulz am Neckar
Die Regensburger Domorgel – Franz Josef Stoiber spielt an der neuen Rieger-Orgel Werke von Bach, Renner, Dupré und Improvisationen (2010). Motette 13791
Die Orgeln der Hochschule für katholische Kirchenmusik und Musikpädagogik Regensburg – Franz Josef Stoiber improvisiert über „Lobe den Herren“ und die gregorianische Antiphon „Cantantibus organis Caecilia Domino decantabat“ (2010). HfKM, Regensburg
Orgelmusik von Liszt und Renner – Franz Josef Stoiber spielt an der Rieger-Orgel des Domes zu Regensburg (2011). Motette 13851
„Alles meinem Gott zu Ehren“ – Franz Josef Stoiber spielt an der Kögler-Orgel der Stadtpfarrkirche St. Laurentius in Neustadt a.d. Donau Werke von Bach, Mozart, Mendelssohn und Improvisationen (2013). Ambiente Audio
Glocken- und Orgelklänge aus dem Regensburger Dom – Franz Josef Stoiber improvisiert an der Rieger-Orgel (2013). Motette 50931
„Schwebende Klänge“ – Eine Domorgel für Regensburg (DVD). Ein Film von Kerem und Stephan Unterberger. Unterberger KG, Medien + Pädagogik (Auch in Englisch erhältlich: „Soaring Sounds“)
"Toccatissimo!" Berühmte Toccaten für Orgel von Bach, Widor, Vierne u.a. Franz Josef Stoiber an der Regensburger Domorgel (2015). Ambiente-Audio
LAUDATO SI' - Musik aus Regensburg (Enjott Schneider - Sacred Music Vol. 13). Orgelsinfonie Nr. 12 "Veni Creator Spiritus", Toccata "Jubilissimo" ua. Franz Josef Stoiber an der Regensburger Domorgel
NEU - NEU - NEU
Geistliche Musik von Franz Josef Stoiber (Messen und Motetten, Suite für Trompete und Orgel) - Regensburger Domspatzen, Chöre der Hochschule für katholische Kirchenmusik und Musikpädagogik Regensburg, Capella serena. Ambiente Audio 2018
Kompositionen
Chor: Messen
Missa i.h. Sancti Petri für Chor (SATB), Streicher (ad. Lib.) und Orgel, Jubilate-Verlag
Missa i.h. Sancti Josephi für Chor (SATB) und Orgel, Verlag Feuchtinger & Gleichauf, Regensburg
Missa i.h. Sancti Sebastiani für Männerchor (TTBB), Verlag Feuchtinger & Gleichauf, Regensburg
Missa Alme Pater für Chor (SATB) und Orgel (2008/2010), Jubilate-Verlag Eichstätt
Missa i.h. Sancti Erhardi für Chor (SATB, Tenor ad lib. und Orgel (ad lib.), Verlag Feuchtinger & Gleichauf Regensburg
Missa in G ("serena") für Chor (SATB) und Orgel, Musikverlag Dr. J. Butz, Bonn
Missa inglese für Chor (SATB) und Orgel (2015), Edition Walhall Magdeburg
Missa i.h. Sanctae Annae Schäffer für Chor (SATB) und Orgel, Jubilate-Verlag Eichstätt
Motetten:
Motette "Christus in vobis spes gloriae" für Chor (SSATTBB) und Orgel (komponiert für die Bischofsweihe von Prof. Dr. Rudolf Voderholzer am 26. 01. 2013 im Hohen Dom zu Regensburg)
Da Pacem Domine – 3 Lateinische Motetten für 4 – 6 stimmigen Chor a capella, Edition Walhall Magdeburg
„Jauchzet Gott, alle Lande“ für Chor (SSATB) (1982), in: Würzburger Chorbuch 2001
Vorspiel, Begleitsatz und Chor-Coda zu „Ehre sei Gott“ (GL 456) für Chor (SATB), Bläser (2 Tr, 2 Pos) und Orgel (2001). Manuskript.
„Christi Mutter stand mit Schmerzen“ für Chor (SATBB), (2001), Manuskript.
„Maria durch ein Dornwald ging“ für Chor (SSATTBB), Harfe und Orgel, (2001). Manuskript.
Halleluja (GL 531, 2) für 4 – 7 stimmigen Chor, Bläser, Pauken und Orgel (komponiert für die Papstmesse am 12. September 2006 in Regensburg. Manuskript.
Motette "Ave verum corpus" für Chor a capella, Musikverlag Dr. J. Butz, Bonn
Motette "Tantum ergo" für Chor (SATB) und Orgel, Verlag N.N.
Motette "Ave Maria" für Chor (SATB) und Orgel ad. lib., Musikverlag Dr. J. Butz, Bonn
Orgel:
Choralbearbeitung „Macht weit die Pforten in der Welt“ (1984, in: Vor- und Nachspiele zu Liedern aus dem Gottes Lob, Diözese Passau)